השנה השנייה היא שנה של העמקה וגיבוש תובנות, בדגש על האתגרים והתהליכים המבטיחים את שגשוגה של מדינת ישראל, בדגש על הממשקים החברתיים וכלכליים עם הסוגיות המדיניות והביטחוניות. מתוקף כך, הדגשים בשנה השנייה מושמים על "המעטפת" – הרחבת היריעה והעמקתה, לימוד האקוסיסטם בתוכו פועלת הממשלה, ממשקי העבודה של הממשלה עם המגזרים השונים (החברה האזרחית, התקשורת, העסקית, הבינלאומית וכו'), כולל עיסוק והרחבה בקבוצות השונות המרכיבות את החברה בישראל, סוגיות של חוץ וביטחון, פיננסים ועסקים, איכות סביבה וקיימות,  ועוד. במקביל, נמשכים תהליכי הפיתוח האישי והקבוצתי, והפעם- בדגש ובהכוונה להתמחות וההשמה.  מתודת הלימוד המובילה במהלך השנה השנייה היא של התנסויות ניהוליות-אישיות, באופן המאפשר לצוערים להתנסות באופן אישי בתהליכי ניהול והובלה של צוות ומשימה. במהלך השנה השנייה, מתקיים גם הסיור הלימודי  בחו"ל, שתכליתו היא למידה השוואתית של מערכות הממשל ופעולתן במדיניות שונות.

הדגש המרכזי של השנה השנייה, החל ממחציתה, הוא על פרק ההתמחות המהווה כניסה לעולם העבודה, משרדי הממשלה, והכנה לקראת פרק ההשמה, המתחיל בסיומו של פרק ההכשרה. מטבע הדברים, עוגן ההתמחות וההשמה הינו עוגן מרכזי המשפיע על התכנים, הסדנאות, המתודות, ודגשי ההכשרה בשנה השנייה.